近30年的“中国资本主义萌芽问题”研究，对中国史研究产生深远影响。首先，从理论和史实上彻底否定中国历史“停滞论”、“循环论”等特殊论调，将中国史作为人类历史的一般形态看待。其次，直接推动明清社会经济史研究的繁荣，尤其是江南地区的研究，更催生美国加州学派的中国早期贸易与商品、市场全球化研究。再次，推动思想文化领域的启蒙思潮说与转型社会理论出现，为明清史研究提供丰富样态与模式。后来，资本主义萌芽问题研究，从理论与实践上为新时期史学范式的建立提供参考。
转型社会与启蒙思潮是资本主义萌芽论所催生的两种附加学说。转型论明确指出：“我们反对中国历史不变论，吸收中国历史发展论的一切有益学术成果，在深入研究的基础上提出自己的见解，形成明代后期社会转型启始的观点。”转型论主要的理论依据是建立在社会经济发展上的六大指标，即商品经济、民营手工业、商业贸易与商人势力壮大及全国市场网络形成、货币与信贷、早期城镇化运动、资本主义萌芽所取得的突破性发展。当然，转型论的内涵更为广泛，还包括阶级关系、社会生活、政治维新、思想观念、文学艺术和科学技术等各方面的变化。可见，转型社会理论是资本主义萌芽理论的扩大化与全面化，将明代末期视为中国资本主义兴起的前夜和古代社会向近代社会的转型期。
中国早期启蒙思潮说是与资本主义萌芽理论密切相关的一种历史理论。此学说将中国启蒙思想发生的年代定位于十六、十七世纪，“这正是‘天崩地解’的时代，思想家们在这个时代富有‘别开生面’的批判思想”，与资本主义发展相关的思想领域革命，就体现为启蒙思想的出现。明代末期出现的社会批判思潮，就是中国资本主义前夜的启蒙思潮。与此相应，被视为中国式的文艺复兴运动也在这一时期发生。按照马克思唯物主义史观，从人类历史发展的一般阶段来看，从封建社会到资本主义社会的转变，也就是中国社会近代化的开端。因此，从资本主义萌芽到近代化的发展，就成为17世纪至19世纪中国历史的发展形态：“明清以降，中国的近代化过程，可以粗略地分为三个阶段：从晚明到清初，是早期近代化的酝酿时期；从清初到19世纪中叶，是早期近代化的发展时期；19世纪中叶以后是全面近代化的启动时期。”这样，清代社会的发展就进入了近代化形态，从理论上解决了否定“停滞论”后如何认识明清历史发展的问题。